Pada tahun 1950 RSAU dr. Dody Sardjoto adalah sebuah Pos Kesehatan Udara Pertama Lanud Sultan Hasanuddin dimana terbentuknya adalah hasil dari penyerahan Pos Kesehatan Penerbangan Sipil (Bandara Sultan Hasanuddin) yang diawaki oleh Letnan Muda I Sigiatmo. Kemampuan pelayanan saat itu yaitu Poli Umum, Kebidanan, Rawat Inap, dan Laboratorium. Lokasi Pos Kesehatan ini berada di dalam lingkungan Lanud Sultan Hasanuddin yang sekarang telah menjadi Mess Alpha Tango.

Pada tahun 1956 Pos Kesehatan Udara Pertama Lanud Sultan Hasanuddin berubah nama menjadi Seksi Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin yang diawaki oleh Lettu Kes dr. Matulessy. Kemampuan pelayanan saat itu ditambah dua pelayananya itu pelayanan Poli Gigi dan urusan Hygiene dan Sanitasi.

Pada tahun 1962 Seksi Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin berpindah lokasi yang dibangun Semi-Permanen di Komplek Lanud Sultan Hasanuddin bertempat di Jl. Dakota yang sekarang menjadi FKTP Lanud Sultan Hasanuddinya itu Klinik Pataraja. Bentuk fisik bangunan berupa barak panjang yang diberi sekat pembatas ruangan. Pelayanan Kesehatan yang beroperasional pada waktu itu adalah Kebidanan dan Klinik Rawat Jalan.

Pada tahun 1964 mengikuti perkembangan Pangkalan TNI AU Sultan Hasanuddin, Seksi Kesehatan berkembang menjadi Tugas Gugus Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin yang diawaki oleh dr. Bawole yang tugas pokoknya hampir sama dengan tugas KSA (Kamar Sakit Asrama).

Pada tahun 1965 , Tugas Gugus Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin dirubah menjadi Dinas Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin yang diawaki oleh dr. Diapari Siregar. Pada masa jabatan beliau bentuk fisik rumah sakit direnovasi dan diperbesar dengan bangunan Semi-Permanen sehingga mampu melaksanakan Rawat Inap dengan kapasitas lebih banyak pasien.

Pada tahun 1985 Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Staff Angkatan Udara dengan Nomor SKEP/III/1985 Tentang Pengakuan Status Rumah Sakit menyatakan Bahwa Tugas Gugus Kesehatan Lanud Sultan Hasanuddin berubah nama menjadi RSAU Lanud Sultan Hasanuddin dengan status rumah sakit militer tingkat IV di lingkungan Kota Maros. Pada saat itu rumah sakit memiliki tugas pokok sebagai pendukung kesehatan operasional, pelayanan kesehatan operasional, memberikan pelayanan kesehatan dan membina personel kesehatan.

Pada tahun 2009. Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Staff Angkatan Udara dengan Nomor Perkasau/111/XII/2009 tanggal 02 Desember 2009 Tentang Penyempurnaan Pokok-Pokok Organisasi dan Prosedur Jajaran Koopsau II dimana dinyatakan bahwa status RSAU Lanud Sultan Hasanuddin berubah tingkat dari rumah sakit militer tingkat IV menjadi rumah sakit militer tingkat III di lingkungan Kota Maros.

Pada tahun 2014 tepatnya tanggal 14 Februari 2014 RSAU dr. Dody Sardjoto berpindah lokasi yang awal bertempat di Jl. Dakota sekarang berpindah ke Jl. By Pass Bandara Internasional Sultan Hasanuddin. Pada tahun tersebut Bedasarkan Surat Keputusan Komandan Pangkalan TNI AU Sultan Hasanuddin dengan Nomor Kep/14/V/2014 Tentang Penetapan Logo RSAU Lanud Sultan Hasanuddin.

Ditahun yang sama , tepatnya tanggal 26 Mei 2014 Bedasarkan Surat Keputusan Komandan Pangkalan TNI AU Sultan Hasanuddin dengan Nomor Kep/16/V/2014 Tentang Penetapan Nama Rumah Sakit TNI AU Lanud Sultan Hasanuddin menyatakan bahwa RSAU Lanud Sultan Hasanuddin berubah nama menjadi RSAU dr. Dody Sardjoto dimana pada tanggal tersebut dinyatakan sebagai Hari Lahir RSAU dr. DodySardjoto.

Nama Rumah Sakit Angkatan Udara dr. Dody Sardjoto diambil dari nama seorang Perwira Kesehatan yang bertugas di SkadronUdara 21 yang mengalami kecelakaan dalam sebuah misi operasi penerbangan rutin ditengah cuaca buruk dan terjatuh sekitar 1 km sebelah utara Runway Lanud Sultan Hasanuddin. Sebagai penghormatan untuk mengenang almarhum, nama belia udiusulkan sebagai nama Rumah Sakit TNI AU dr. Dody Sardjoto.

Pada tahun 2020 Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Staff Angkatan Udara dengan Nomor Perkasau 02 tahun 2020 tanggal 12 Februari 2020 Tentang Organisasi dan Tugas Rumah Sakit menyatakan RSAU dr. Dody Sardjoto berubah tingkat dari tingkat III menjadi tingkat II di lingkungan Kota Maros.